「Eclipseのファイルの切り替えを速くする。」と書きましたが、結局は原因はわかりませんでした。
それにしても、こうも切り替えが遅いとイライラします。しかたないので、EclipseをJUNOから前のINDIGOにもどします。とりあえず解決です。
Eclipseの場合、ディレクトリを分けておけば、複数バーションをインストールしておけますので、前のバージョンは削除せずに取っておいて正解です。
他の人も、JUNOは遅くて使えないという報告が何件か見かけましたので、このような症状が起こったときにはINDIGOに戻したほうがいいかもしれません。